La pluie n'a pas quitté Fuji pour ce jour de course et sur le circuit, le mont Fujiyama était aussi peu visible que les concurrents en piste. Des conditions difficiles qui poussaient les organisateurs à lancer la course sous voiture de sécurité, puis sous slow-zone, avant de rapidement laisser les concurrents se battre. Un départ sans trop de soucis, à l'exception du tête-à-queue de Nelson Piquet Jr, en pole en LMP2, qui perdait sa voiture au premier virage. Mieux, les Toyota prenaient l'avantage sur la Porsche #1, Buemi puis Kobayashi se mettant dans les échappements de la Porsche #2, en tête de la course.

Derrière, les conditions difficiles offraient un joli spectacle, la bagarre étant présente à tous les niveaux. Les premiers tours de course étaient marqués par les passes d'armes entre Lapierre (Alpine) et Rossiter (G-Drive) en LMP2, ou Lauda et Ried en GTE Am. Néanmoins, en LMP2, Senna montrait très vite un joli rythme, tout comme Porsche, leader en GTE Pro. Nicolas Lapierre qui justement montrait un sacré rythme en piste, le Français remontant Rossiter, puis Jarvis pour la troisième place, avant de fondre sur Brundle, offrant très vite un superbe duel entre les deux hommes, ponctué par le retour des LMP1.

Le brouillard lui s'intensifiait, en fond de ligne droite des stands, avec une brume intense, rendant les conditions de pilotage très difficiles. Freitas, directeur de course faisait sortir le drapeau jaune sur cette zone pour limiter les risques. Néanmoins, après une heure de course, la voiture de sécurité faisait son retour, la visibilité devenant franchement médiocre. L'occasion pour l'ensemble des concurrents de lancer la première salve des ravitaillements.

Après 1h20 de course cependant, le drapeau rouge était sorti, les conditions de piste empirant en raison du brouillard. Une interruption d'une trentaine de minutes, avant une reprise de la course sous Safety Car puis slow zone, dans la ligne droite des stands. Une interruption qui profitait aux Toyota. Les deux prototypes nippons ayant réalisé leurs ravitaillements avant l'interruption, reprenaient l'avantage au moment de la reprise de la course. Un début de relais favorable aux prototypes nippons qui creusaient vite l'écart.

Premiers accrochages

Le premier fait de course intervenait après 2h10 de course avec la sortie de Simon Trummer sur la Manor #25. Un contact avec le mur dans la dernière partie du circuit venait abîmer l'avant de l'ORECA. L'homme parvenait à repartir, non sans devoir changer de capot. Nicolas Lapierre s'offrait également un tête-à-queue avec son Alpine, sans conséquences cependant pour le pilote français, qui gardait sa deuxième place en LMP2. De nouveau, la course était neutralisée à cause du brouillard, peu après la relance. Après une trentaine de minutes d'interruption, la course reprenait peu avant la barre des trois heures.

La mi-course était marquée par le retour en force de G-Drive et TDS Racing. La #26 de Thiriet et la #28 de Collard se montraient particulièrement à l'aise, revenant sur la tête de course en LMP2. Les deux autos se mêlaient ainsi à la lutte entre l'Alpine #36 et la Vaillante Rebellion #31. De nouveau, le Safety Car était de sortie en raison des conditions météo, seulement 20 minutes après la reprise, le manque de visibilité dû au brouillard étant toujours la cause. 

Après une nouvelle interruption d'une vingtaine de minutes, la reprise se faisait avec un excellent départ du leader Nick Tandy, jusqu'à la sortie de piste de Mathias Beche, après un duel âpre avec la Manor #24 de Jean-Éric Vergne, sur la Vaillante Rebellion #13 quatre virages plus loin. La voiture était fortement abimée sur le coup, tapant à l'avant et à l'arrière, causant son abandon, et une nouvelle neutralisation.

Après une dizaine de minutes de Safety Car, les deux Toyota parvenaient à reprendre la Porsche de Tandy au restart. Un nouvel accrochage avait lieu cette fois-ci en tête du GTE Pro, avec la 911 RSR #92 d'Estre, troisième, et la Ford GT #67 de Priaulx, à un tour. Les deux voitures repartaient, mais Priaulx sortait quelques mètres plus loin, au bout de la ligne droite des stands, détruisant sa Ford GT. L'incident provoquait un Full Course Yellow pour dégager la GT. Pendant ce temps, Rusinov sur l'ORECA #26 faisait un tête à queue et perdait la tête du LMP2. À deux heures de la fin de course, devant, les Toyota maintenaient leurs positions en tête de la course, avec la Porsche #1 dans les échappements de la #7 en troisième place. 

À 1h40 de la fin de course, le Safety Car rentrait de nouveau en piste, une chape de brume recouvrant une fois de plus le circuit. Des conditions devenant très difficiles, la question de ressortir le drapeau rouge se posait alors : passé le cap des 4h30 de course, l'ensemble des points sont attribués, ce qui simplifie les calculs au championnat. De fait, le drapeau rouge était sorti, interrompant de nouveau la course. Une décision saluée par les concurrents, tant les conditions devenaient compliquées. Une décision pas forcément favorable à certains concurrents, notamment la Porsche 911 #91 ou l'Alpine #36.

Toyota au bout de la pluie

Après une heure et quart d'attente, la direction de course annonçait cependant la fin de la course. De quoi offrir la victoire à Toyota l'occasion de signer un doublé. Une première victoire après une longue traversée du désert depuis mai dernier, et la victoire à Spa-Francorchamps. Nakajima-Buemi-Davidson signent ainsi leur troisième victoire de la saison, permettant aux pilotes Toyota de grapiller quelques points aux leaders du championnat, Bernhard-Hartley-Bamber sur la Porsche #4.

En LMP2, c'est une victoire pour Senna-Prost-Canal sur la Rebellion Vaillante, la deuxième après la victoire au Mexique, juste devant l'Alpine #36 de Menezes-Lapierre-Negrao et l'ORECA #38 de Tung-Laurent-Jarvis.

Le GTE Pro voit lui la victoire surprise de la Ferrari #51 de Calado-Pier Guidi. La Porsche #91 avait jusqu'ici mené les débats avec Makowiecki-Christensen, mais le jeu des ravitaillements et l'interruption de la course ont joué en défaveur de la 911 RSR. Un bon résultat d'ensemble pour Porsche en GT, puisque Estre-Lietz s'offrent une troisième place intéressante. Week-end à oublier pour Aston Martin, en revanche, loin du compte tout au long de ce meeting japonais.

En GTE Am, Ferrari se montre plus dominateur, puisque la 488 #54 du Spirit of race devance la #61 du Clearwater Racing. Comme en GTE, Porsche vient compléter le podium avec la 911 RSR du Dempsey Proton Racing aux couleurs de la Pink Ribbon Foundation, qui œuvre en faveur de la lutte contre le cancer du sein.

Un résultat qui fait les affaires de Toyota, qui revient sur Porsche au Championnat du monde, même si la marque allemande a pris un avantage sérieux sur l'écurie nippone.

	#	Pilotes	Équipe	Cat.	Trs
1	8	Anthony Davidson   Kazuki Nakajima   Sébastien Buemi	Toyota Gazoo Racing	LMP1	113
2	7	Kamui Kobayashi   Mike Conway   José María López	Toyota Gazoo Racing	LMP1	113
3	1	André Lotterer   Neel Jani   Nick Tandy	Porsche LMP Team	LMP1	113
4	2	Timo Bernhard   Brendon Hartley   Earl Bamber	Porsche LMP Team	LMP1	112
5	31	Bruno Senna   Julien Canal   Nicolas Prost	Vaillante Rebellion	LMP2	110
6	36	Nicolas Lapierre   André Negrao   Gustavo Menezes	Signatech Alpine Matmut	LMP2	110
7	38	Oliver Jarvis   Ho-Pin Tung   Thomas Laurent	Jackie Chan DC Racing	LMP2	110
8	28	François Perrodo   Emmanuel Collard   Matthieu Vaxiviere	TDS Racing	LMP2	110
9	24	Jean-Éric Vergne   Ben Hanley   Matt Rao	CEFC Manor TRS Racing	LMP2	110
10	26	Roman Rusinov   Pierre Thiriet   James Rossiter	G-Drive Racing	LMP2	110
11	51	James Calado   Alessandro Pier Guidi	AF Corse	GTE PRO	109
12	91	Richard Lietz   Frederic Makowiecki	Porsche GT Team	GTE PRO	109
13	25	Vitaly Petrov   Simon Trummer   Roberto Gonzalez	CEFC Manor TRS Racing	LMP2	109
14	92	Michael Christensen   Kévin Estre	Porsche GT Team	GTE PRO	109
15	66	Stefan Mücke   Olivier Pla	Ford Chip Ganassi Team UK	GTE PRO	109
16	71	Sam Bird   Davide Rigon	AF Corse	GTE PRO	109
17	97	Darren Turner   Jonathan Adam	Aston Martin Racing	GTE PRO	109
18	95	Marco Sørensen   Nicki Thiim	Aston Martin Racing	GTE PRO	108
19	54	Francesco Castellacci   Miguel Molina   Thomas Flohr	Spirit of Race	GTE AM	107
20	61	Matt Griffin   Mok Weng Sun   Keita Sawa	Clearwater Racing	GTE AM	107
21	77	Christian Ried   Matteo Cairoli   Marvin Dienst	Dempsey-Proton Racing	GTE AM	107
22	86	Mike Hedlund   Ben Barker   Nick Foster	Gulf Racing	GTE AM	106
23	98	Pedro Lamy   Paul Dalla Lana   Mathias Lauda	Aston Martin Racing	GTE AM	105
24	67	Harry Tincknell   Andy Priaulx	Ford Chip Ganassi Team UK	GTE PRO	96
25	13	Nelson Piquet Jr.   David Heinemeier Hansson  Mathias Beche	Vaillante Rebellion	LMP2	85
26	37	David Cheng   Tristan Gommendy   Alex Brundle	Jackie Chan DC Racing	LMP2	52